permet la mise en œuvre des outils de biologie moléculaire pour la caractérisation des communautés microbiennes (bactéries et champignons) des matrices d’intérêts..

Principales activités :

L’activité principale développée concerne la caractérisation de la densité et de la diversité des communautés microbiennes (bactéries et champignons) associées à divers écosystèmes. Cette activité s’articule autour de différentes approches :

• Metabarcoding 16s / ITS pour la caractérisation des communautés bactériennes / fongiques. Cette approche s’appuie sur les outils de séquençage haut-débit (NGS) et nécessite l’amplification de marqueur taxonomique par PCR à partir de l’ADN extrait.
• Metagenomique shot-gun, qui consiste à séquencer directement l’ADN métagénomique extrait.
• Transcriptomique de souche disposant d’un génome de référence.
• PCR quantitative pour estimer la densité de gènes d’intérêts.

Principaux Équipements :

• Hotte chimique et centrifugeuses pour l’extraction des acides nucléiques.
• Nanodrop et Qubit pour le dosage des acides nucléiques.
• Thermocycleurs pour amplifications par PCR.
• Cuves à électrophorèse pour gels d’agarose .